Вегнер Егор Викторович родился в городе Змеиногорске Алтайского края 24 июня 1982 года.
Окончил факультет автоматики и вычислительной техники Томского политехнического университета в 2004 году.
В таможенных органах с 2004 года, начинал службу старшим инспектором.
Занимал различные должности в Томской таможне. С 16 мая 2016 года переведен на должность первого заместителя начальника Новосибирской таможни. С 15 августа 2019 года исполнял обязанности начальника Сибирской электронной таможни. С 11 марта 2020 года назначен начальником Сибирской электронной таможни.
Награжден знаком "Отличник таможенной службы", медалями "За усердие", "За службу в таможенных органах" III степени" и "За службу в таможенных органах" II степени.
Женат, воспитывает 1 ребенка.