Сибирская, а тогда еще Западно-Сибирская оперативная таможня, образована 9 апреля 1997 года.
Необходимость создания на территории Западной Сибири оперативной таможни стала очевидной после появления в 1991-м году «прозрачной» границы с Казахстаном протяженностью 2 698 км. Отсутствие четкой границы, ее охраны и необходимого контроля в совокупности с удаленностью друг от друга постов позволило преступникам ввозить товар не только с сокрытием от таможенного контроля, но и помимо него, используя многочисленные объездные дороги. И Западно-Сибирская таможня с первых месяцев своего существования приступила к наведению правопорядка на таможенной границе и установлению контроля над товарооборотом в этом направлении.
В 2001 году таможня была переименована в Сибирскую оперативную. А с 2005 года в регион ее деятельности в дополнение к Алтайскому краю, Республике Алтай, Кемеровской, Новосибирской, Омской и Томской областям присоединились Республика Хакасия и Красноярский край.
За годы своего существования оперативная таможня внесла значительный вклад в решение проблем нелегального перемещения через таможенную границу грузов, ввоза наркотиков, формирования в регионе цивилизованного рынка, защищенного от некачественных, произведенных с нарушением авторских прав и просто вредных для здоровья людей товаров.
За последние 15 лет таможнями региона возбуждено 4 366 уголовных дел. Стоимость незаконно ввезенных товаров, являвшихся предметами преступления по возбужденных уголовным делам, превысила 9 миллиардов рублей. В федеральный бюджет перечислено свыше 3 миллиардов рублей. Стоимость задержанных товаров превысила 1 миллиард рублей. Из незаконного оборота изъято свыше 2 тонн наркотических средств и сильнодействующих веществ.
Сегодня сотрудниками Сибирской оперативной таможни наработан богатый опыт по организации крупномасштабных мероприятий, направленных на выявление фактов контрабанды и пресечение деятельности преступных группировок. Это не только в значительной мере способствует привлечению незаконопослушных лиц к административной и уголовной ответственности, но и вынуждает все большее число потенциальных нарушителей осуществлять внешнеэкономическую деятельность в рамках закона.
С 31 июля 2012 года регион деятельности Сибирской оперативной таможни расширился за счет присоединения Восточно-Сибирской оперативной таможни (г. Иркутск). В него вошли еще четыре таможни – Бурятская, Иркутская, Тывинская и Читинская. С 1 июля 2019 года в связи с изменением структуры Сибирского федерального округа Бурятская и Читинская таможни были переведены в состав Дальневосточного таможенного управления. В настоящее время Сибирская оперативная таможня организует и координирует деятельность правоохранительных блоков семи таможен Сибирского региона.