Структурные подразделения Омской таможни выполняют следующие функции:
- совершают таможенные операции и таможенный контроль, создают условия, способствующие ускорению товарооборота через таможенную границу Евразийского экономического союза (далее -ЕАЭС);
- взимают таможенные пошлины, налоги, антидемпинговые, специальные и компенсационные пошлины, таможенные сборы, контролируют правильность исчисления и своевременность уплаты указанных пошлин, налогов и сборов, принимают меры по их принудительному взысканию;
- обеспечивают соблюдение порядка перемещения товаров и транспортных средств через таможенную границу ЕАЭС и государственную границу РФ;
- обеспечивают в соответствии с законодательством Российской Федерации о государственном регулировании внешнеторговой деятельности и международными договорами Российской Федерации запретов и ограничений в отношении товаров, перемещаемых через таможенную границу ЕАЭС и государственную границу РФ;
- обеспечивают в пределах своей компетенции защиту прав интеллектуальной собственности;
- ведут борьбу с контрабандой и иными преступлениями, административными правонарушениями в сфере таможенного дела, пресекают незаконный оборот через таможенную границу ЕАЭС и государственную границу РФ наркотических средств, оружия, культурных ценностей, радиоактивных веществ, редких видов животных и растений, находящихся под угрозой исчезновения, их частей и дериватов, объектов интеллектуальной собственности, других товаров, а также оказывают содействие в борьбе с международным терроризмом и пресечении незаконного вмешательства в аэропортах Российской Федерации в деятельность международной гражданской авиации;
- осуществляют в пределах своей компетенции контроль за валютными операциями резидентов и нерезидентов, связанными с перемещением товаров и транспортных средств через таможенную границу, в соответствии с валютным законодательством Российской Федерации и принятыми в соответствии с ним нормативными правовыми актами органов валютного регулирования;
- осуществляют информирование и консультирование в области таможенного дела, обеспечивают в установленном порядке государственные органы, организации и граждан информацией по таможенным вопросам;
- ведут таможенную статистику внешней торговли.
Структурные подразделения Омской таможни в своей деятельности руководствуются Конституцией Российской Федерации, федеральными конституционными законами, Таможенным кодексом Таможенного союза, другими федеральными законами, указами и распоряжениями Президента Российской Федерации, постановлениями и распоряжениями Правительства Российской Федерации, международными договорами Российской Федерации, нормативными правовыми актами ФТС России, правовыми актами Сибирского таможенного управления, положениями об отделах/отделениях, утверждёнными приказами Омской таможни.