Начало истории таможни в Омске относится к XVIII веку.
С 1753 г. в Омске на левом берегу Иртыша на месте Елизаветинского маяка (в настоящее время - Ленинградский мост) учреждается таможенная застава, где брали пошлины с провозимых товаров и направление их в Приказ Большой Казны. В это время Омская таможенная застава входила в состав Оренбургского таможенного округа и подчинялась Петропавловской пограничной таможне.
Предписания Омская таможенная застава получала из государственной Коммерц-коллегии.
В 1824 г. – 21 ноября Указом императора Александра I Оренбургский таможенный округ был разделен на Оренбургский и Сибирский. Омская таможенная застава вошла в состав последнего и стала получать предписания непосредственно от начальника Сибирского таможенного округа.
22 февраля I830 г. Указом императора Николая I в Омск была переведена Железинская таможенная застава (из северного Казахстана), которая вошла в состав Омской и стала именоваться Омской таможенной заставой. "Таможенные заставы пропускали только беспошлинные заграничные товары и хлеб в муке".
В 1839 г. 8 ноября – Указом императора Николая I по представлению Министра Финансов с целью усиления торговли "вместо существовавшей в Омске таможенной заставы " учреждается таможня 3 класса "с предоставлением ей права очищать пошлиною все товары, тарифом не запрещенные". В Функции Омской таможни входил надзор за выполнением правил Таможенного Устава, осмотр ввозимых и вывозимых товаров, борьба с контрабандным провозом, конфискация запрещенных к провозу товаров. "Таможни 3 класса имели право пропускать все товары, кроме химических, машин и предметов, подлежащих клеймению. Срок складки товаров до оплаты пошлиною – 2 месяца".
Омская таможня находилась на левом берегу реки и располагала следующими зданиями: в I квартале находились дом для помещения таможни и писцов; пакгаузы для склада товаров; кардегардия для таможенного караула; казарма для досмотрщиков; конюшня для казачьих лошадей; отделения для мелочного торга. Во II квартале имелись: службы при доме управляющего, дом для помещения чиновников.
В 1839 г. штаты Сибирского таможенного округа составляли 213 человек. Штаты Омской таможни в 1839 г. – 18 человек. В Омской таможне имелись 20 таможенных постов.На всех постах в штате были унтер-офицеры и казачьи части.
К первой половине 19 в. в связи с продвижением русских вглубь Казахстана Сибирская линии таможен утрачивает свое значение. За период 1847–1851 гг. через Омскую таможню прошло товаров на 57,5 тыс. рублей, в то время как через Петропавловскую – на 1000,8 тыс. рублей. Таким образом, обороты последней в 20 раз превысили обороты Омской таможни. 23 декабря 1853 г. Указом императора Николая I по представлению Министра Финансов и Сибирского Комитета утверждаются новые штаты Сибирского таможенного округа. Этим Указом Омская таможня упраздняется и в марте 1854 г. учреждается таможенная застава "с предоставлением ей в отношении очистки товаров пошлиною тех прав, которые определены для таможен Сибирского округа". Омская таможенная застава на левом берегу Иртыша просуществовала до 1857 г. Штаты Сибирского таможенного округа составляли 219 человек.
После 1857 г. Омская застава с левого берега реки была переведена на правый берег и устроена за старыми интендантскими корпусами. В 1967 г. омский краевед А.Ф.Палашенков в книге "Памятники и памятные места Омска" писал: "пять корпусов (заставы) сохранились и поныне, идут в ряд от улицы Потанина по левую сторону пр. Маркса. В настоящее время на Месте заставы проходит пр. К. Маркса. Здесь была южная граница Омска, отсюда шел тракт на Семипалатинск. Застава состояла из сооруженных по сторонам дороги двух кирпичных четырехгранных высоких столбов, увенчанных государственными гербами. При выезде из города по правую сторону заставы находилась деревянная облицовочная кирпичом казарма - таможенная, которая разобрана в 1948г.
Слабое развитие промышленности определило и медленный рост городов. В первой половине 19 в. – в 1840г. жители трех городов - Омска, Тары и Тюкалинска – составляли 5% населения области. Ни один из городов не стал важным торговым центром.
Омск поддерживал торговые связи с казахским населением южных степей. И все же торговый обмен Омска с казахскими степями был незначительным. Основной поток товаров, направляющихся из Казахстана и Средней Азии шел не в Омск, а в Петропавловск и Семипалатинск.
С упрочением русского населения в Средней Азии и южном Казахстане дальнейшее существование таможенной заставы становится нецелесообразным и в ноябре 1865г. она упраздняется.
А через 125 лет вновь возрождается.
Создание таможни на Омской земле было вызвано кардинальными переменами в экономике и политике государства. Переход России к рыночным методам хозяйствования, в том числе во внешнеэкономической сфере, происходил в сложных условиях упразднения государственной монополии внешней торговли, снятия практически всех ограничений на самостоятельное участие предприятий и организаций во внешнеторговых связях. На качественно иной уровень перешли взаимоотношения России с бывшими союзными республиками, а также международными экономическими и финансовыми организациями. Новое время потребовало срочно создать действующую систему государственного регулирования внешнеэкономической деятельности. Одну из ключевых ролей среди ведомств, курирующих этот сектор экономики, стала играть российская таможенная служба.
14 мая 1990 года приказом Главного управления Государственного Таможенного контроля при Совете Министров СССР (ГУ ГТК СССР) № 107 в Омске был создан Омский таможенный пост, подчиненный Иркутской таможне. Первоначально штат Омского таможенного поста состоял из трех человек.
24 октября 1990 года приказом ГУ ГТК при Совете Министров СССР была создана Новосибирская таможня и Омский таможенный пост переподчиняется этой таможне.
В 1990-1991 гг. происходит возрождение, развитие и становление таможенной службы на Омской земле. Создаются новые перспективные направления развития таможенного дела в области экономики и права, разрабатываются пути совершенствования таможенной службы.
5 августа 1992 года в целях повышения эффективности государственного таможенного контроля, его роли в управлении народным хозяйством и борьбе с правонарушениями во внешнеэкономической деятельности на территории Омской области Государственный таможенный Комитет преобразовал Омский таможенный пост Новосибирской таможни в Омскую таможню, определив зону ответственности последней - территорию Омской области. Штатная численность таможни устанавливалась в количестве 58 человек. Была определена структура Омской таможни.
1019 км неохраняемой Российско-Казахстанской границы требовали скорейшего установления надлежащего таможенного контроля. И во исполнение Указа Президента Российской Федерации "О неотложных мерах по организации таможенного контроля в Российской Федерации" 11 декабря 1992 года приказом ГТК РФ № 692 на территории Омской области были созданы 6 таможенных постов:
- Исилькульский таможенный пост;
- Полтавский таможенный пост;
- таможенный пост "Одесское";
- таможенный пост "Русская Поляна";
- Иртышский таможенный пост;
- Черлакский таможенный пост.
31 декабря 1992 года приказом ГTК РФ № 671 создается Западно-Сибирское таможенное управление (в г. Новосибирске), в состав которого вошла и Омская таможня.
В течение 18 лет таможней руководили: Валерий Маркович Халецкий, Владимир Александрович Коротков, Геннадий Александрович Грибанов, Александр Иванович Канцер, Юрий Владимирович Русаков.
С начала декабря 2009 года начальником Омской таможни назначен полковник таможенной службы Алексей Сергеевич Бочкарев.
Период деятельности таможни характеризуется выполнением плановых заданий по перечислению платежей в государственный бюджет, формированием развитой таможенной системы и таможенной инфраструктуры, усовершенствованием работы с участниками ВЭД, охраной правопорядка в области внешнеэкономической деятельности.
Функционирование Таможенного союза Республики Беларусь, Республики Казахстан и Российской Федерации внесло свои коррективы в деятельность Омской таможни. С 1 июля 2011 года на российско-казахстанской и российско-белорусской границах полностью снят таможенный контроль. Российские таможенные органы прекратили совершение таможенных операций и всех функций по таможенному контролю в отношении товаров и транспортных средств, пересекающих границу, которые осуществлялись в пунктах пропуска через государственную границу Российской Федерации на ее казахстанском участке. В Омском регионе были ликвидированы приграничные таможенные посты.
В настоящее время Омская таможня включает в себя Омский таможенный пост, Омский таможенный пост (центр электронного декларирования) и таможенный пост Аэропорт Омск.